В большинстве случаев гипнотерапия не опасна, но должна применяться строго по показаниям, ее не рекомендуется использовать при шизофрении, особенно параноидной форме, сопровождающейся идеями отношения, преследования, особого значения и воздействия.
Гипнотерапия может вызвать зависимость от гипнотерапевта. Как правило, гипноз слабо эффективен при навязчивых состояниях.
Известна особая эффективность методов внушения и особенно гипноза при алкоголизме, примером может быть метод лечения алкоголизма методом А.Р. Довженко («кодирование») или аверсионный метод Паламарчука
