Молекулярная характеристика гематологических злокачественных новообразований в настоящее время позволяет провести всестороннюю диагностическую и прогностическую классификацию и даже в некоторых случаях может быть переведена в терапевтические рекомендации. Количество генетических биомаркеров с клиническим значением постоянно растет, и последнее обновление Всемирной организации здравоохранения (ВОЗ) по миелоидным новообразованиям и острому лейкозу, опубликованное в 2016 г., уже включает значительное их количество. Наиболее часто нарушаемые гены при каждой из этих патологий были достаточно хорошо определены в течение последнего десятилетия. Что касается острого миелоидного лейкоза (AML) de novo , то около 25 генов здесь периодически мутируют. Наиболее часто изменяется ген FLT3 (28%), за ними следуют NPM1 (27%) и DNMT3A (26%). Среди слияний внутрирамочная реаранжировка PML - RARA идентифицируется до 9% всех образцов и является наиболее распространенной . Распространенность генетических изменений при ОМЛ варьирует в разных сериях, в зависимости от анализируемого подтипа заболевания и клинического контекста пациентов, включенных в исследования. В целом наиболее мутантными генами при миелодиспластическом синдроме (MDS) являются TET2 (20–25%), DNMT3A (12–18%), ASXL1 (15–25%) и SF3B1 (20–30%); обычно изменяются до 30 генов. Кроме того, миелопролиферативные новообразования молекулярно делятся на две большие группы, а именно: BCR-ABL1- положительный хронический миелоидный лейкоз и новообразования с отрицательным результатом на филадельфийскую хромосому. В последней группе три наиболее клинически значимых гена, проанализированных в рутинной клинической практике, — это JAK2 , CALR и MPL. Распространенность мутаций в каждом из них зависит от рассматриваемого объекта (истинная полицитемия, эссенциальная тромбоцитемия или первичный миелофиброз). Наконец, в контексте острого лимфобластного лейкоза (ALL) мутационный ландшафт зависит от происхождения (В или Т), а также от возраста пациентов. Наиболее распространенным генетическим изменением при ALL во взрослом возрасте является нарушение IKZF1 (25–35% случаев), в то время как у детей он изменен у 12–17%. У детей наиболее часто встречается слияние ETV6-RUNX1 (22%), а у взрослых — слияние BCR-ABL1 (выявляется в 25% случаев). Одной из основных проблем при изучении молекулярного профиля этих гемобластозов является широкий спектр обязательных рутинных генетических анализов, включая однонуклеотидные варианты (SNV), варианты числа копий (CNV), хромосомные перестройки (SV), а также другие структурные изменения, такие как тандемные дупликации или вариации клеточной плоидности. Это требует выполнения нескольких методов, таких как обычный кариотип, FISH, а также различных подходов PCR, некоторые из которых специфичны для каждого заболевания. Поэтому в больницах необходимо внедрить ряд различных молекулярных методов для точной характеристики гематологических злокачественных новообразований, что менее рентабельно по мере увеличения количества рекомендуемых биомаркеров.
Между тем, быстрое развитие технологий секвенирования следующего поколения (NGS) ускорило их внедрение в повседневную клиническую практику. Целесообразность NGS доказана при различных онкогематологических заболеваниях, особенно в области острого миелоидного лейкоза. Решения NGS обеспечивают комплексный подход к различным биомаркерам в одном анализе. Однако обнаружение такого большого количества генетических биомаркеров различной природы по-прежнему остается технологической задачей. Одна из основных проблем NGS заключается в получении анализа CNV, который будет коррелировать с обычным кариотипом или массивом SNP ( Leisch M.,et.al., 2019). В этом направлении предпринимаются многочисленные усилия, и уже имеются первые результаты (Duncavage E., et.al; 2021).
Помимо получения надежных результатов по доступной цене, также важно генерировать объем данных, которым смогут управлять заинтересованные стороны. Следуя этой предпосылке, секвенирование всего генома или экзома дает большой объем информации, и большая часть этих данных может вводить в заблуждение или быть бесполезной для ведения пациентов в повседневной клинической практике. Конечно, внедрение генных панелей на основе NGS в клиническую практику также сопряжено с рядом проблем. Некоторые из них присущи технологиям NGS и могут быть решены при наличии опыта и знаний. Однако две особые проблемы препятствуют внедрению решений NGS в повседневную клиническую практику онкогематологических лабораторий. Во-первых, текущие международные рекомендации основаны на предыдущем опыте; поэтому NGS из-за отсутствия стандартизации не является основной технологией, рекомендуемой для анализа нескольких биомаркеров. Во-вторых, в этой клинической области недостаточно исследований эффективности затрат, которые продемонстрировали бы преимущества внедрения NGS. Несмотря на эти проблемы, генные панели на основе NGS позволяют идентифицировать целевые генетические изменения в одном образце и в одном анализе.
В качестве примера , можно привести панель Hematology OncoKitDx на основе DNA NGS, которая исследует кодирующие области 78 генов путем полного секвенирования в поисках нескольких типов генетических изменений, таких как точечные мутации и небольшие делеции и вставки. В дизайн этой панели был включен массив SNP низкой плотности из 996 однонуклеотидных полиморфизмов (SNP), расположенных по всему геному, и разработан специальный биоинформатический конвейер с целью обнаружения CNV по всему геному, включая усиление и потерю целых хромосом, хромосомных плеч, генов или даже экзонов. Кроме того, панель также была разработана для выявления реаранжировок путем обнаружения интронных точек разрыва, ранее описанных в 27 генах : ABL1 , ABL2 , BCR , CBFA2T3 , CBFB , CSF1R , EPOR , ETV6 , FGFR1 , FUS , JAK2 , KMT2A , MEF2D , MNX1 , MYH11 , NPM1 , NUP214 , NUP98 , PDGFRA , PDGFRB , RARA , RBM15 , RUNX1 , SET TAL и , STIL CF3 . Эта стратегия позволяет обнаруживать слияния этих генов с любым другим партнером по всему геному. Hematology OncoKitDx также тестирует 14 релевантных SNP в фармакогенетике в соответствии с базой данных PharmGKB (доказательство 2A или выше)
Гены Hematology OncoKitDx ARID5B , ASXL1 , ASXL2 , ATRX , BCOR , BCORL1 , BLNK , BRAF , CALR , CBL , CDKN2A , CDKN2B , CEBPA , CHIC2 , CREBBP , CRLF2 , CSF3R , CSNK1A1 ,CUX1 , DDX3X , DDX41 , DNMT3A , EP300 , ETNK1 , ETV6 , EZH2 , FBXW7 , FLT3 , GATA1 , GATA2 (включая интрон 4), GATA3 , HAVCR2 , IDH1 , IDH2 , IKZF1 , IL7R , JAK1 , JAK2 , KMT , JAK3 , KIT , КМТ2С , КРАС , МПЛ, NF1 , NFE2 , NOTCH1 , NPM1 , NR3C1 , NRAS , P2RY8 , PAX5 , PHF6 , PIGA , PPM1D , PTEN , PTK2B , PTPN11 , RAD21 , RB1 , RUNX1 , SETBP1 , SF3B1 , SH2B3 , SMC1A , SF 1 , SMC3 , SMC3 _ , STAG2, STAT5B , TET2 , TP53 , TPMT , TYK2 , U2AF1 , WT1 и ZRSR2.
Hematology OncoKitDx кажется надежным и эффективным инструментом для установления диагноза ВОЗ у пациентов с острым миелоидным лейкозом.
Добавить комментарий